เนื้อเรื่องของเกมจะแยกมาจากส่วนของอนิเมะเรื่อง Puella Magi Madoka Magica กล่าวถึงเมือง Kamihama ที่มีพลังประหลาดทำให้มีเหล่าสาวน้อยเวทมนตร์มารวมกันเพื่อต่อสู้กับแม่มด ทามากิ อิโรฮะ ได้เดินทางเข้ามาในเมืองนี้เพื่อร่วมกับสาวน้อยเวทมนตร์คนอื่นๆ ในการตามหาน้องสาว อุอิ ที่หายสาบสูญไป อาเคมิ โฮมุระ เองก็เดินทางมาที่เมืองนี้เช่นกัน พร้อมกับความหวังว่า “หากฉันคลายปริศนาของเมืองนี้ได้ ฉันอาจช่วยมาโดกะได้ด้วย”
